В world должен быть список программ, которые нужно доустановить к тем, которые уже входят в "system" (т.е. в текущий профайл).

в world не должно быть никаких библиотек, и т.д., которые не нужны сами по себе, а нужны только для удовлетворения чьих-то зависимостей (чтобы не продолжать устанавливать/обновлять их, если они уже станут не нужны по какой-то причине) программ, которые уже входят в "system", не должно быть в world. В world нельзя указывать определенную версию софта, это лучше делать в /etc/portage/package.mask.

Скрипт regenworld может помочь восстановить world путем анализа /var/log/emerge.log и генерации на его базе файла world (он перезапишет текущий world!).

Скрипт dep -p -w поможет найти избыточные записи в world(которые всё-равно нужны другим записям в world или входят в system).

Перед серьёзными обновлениями желательно просмотреть /etc/portage/*, т.к. там могут быть уже не актуальные записи мешающие текущему обновлению.

Обновление profile

Не каждый Gentoo release включает в себя новый profile (например, 2004.1 был без profile). Даже если новый profile есть, то переходить на него не обязательно (если это будет обязательно, то старый профайл будет deprecated и emerge об этом должен будет громко кричать).

Инструкции по обновлению profile будут выкладываться здесь:

http://www.gentoo.org/doc/en/gentoo-upgrading.xml

 и как правило сводиться к изменению симлинка /etc/make.profile