в world не должно быть никаких библиотек, и т.д., которые не нужны сами по себе, а нужны только для удовлетворения чьих-то зависимостей (чтобы не продолжать устанавливать/обновлять их, если они уже станут не нужны по какой-то причине) ;

программ, которые уже входят в "system", не должно быть в world

в world нельзя указывать определенную версию софта, это лучше делать в /etc/portage/package.mask;

скрипт regenworld может помочь восстановить world путем анализа /var/log/emerge.log и генерации на его базе файла world (он перезапишет текущий world!) ;

скрипт dep -p -w (входящий в состав пакета udept) поможет найти избыточные записи в world (которые всё равно нужны другим записям в world или входят в system);

перед серьёзными обновлениями желательно просмотреть /etc/portage/*, т.к. там могут быть уже не актуальные записи мешающие текущему обновлению.