Когда сборка пакета завершается с ошибкой — остаётся каталог с временными файлами в /var/tmp/portage. Если вы устраняете проблему и пакет нормально собирается — файлы удаляются. Если же нет — вы можете очистить каталог /var/tmp/portage вручную.

После обновления вы можете удалить устаревшие файлы из /usr/portage/distfiles. Для этого воспользуйтесь утилитой eclean из пакета gentoolkit. Она поможет удалить ненужные файлы. Эта утилита может работать как с исходниками, так и с бинарными пакетами. (просто вызовите её как eclean-dist или eclean-pkg соответственно). Прочитайте страницу man для получения полного списка опций.

Gentoo предоставляет вам огромные возможности по настройке вашей системы. Автор статьи надеется что после прочтения этих строк вы сможете воспользоваться этими возможностями и испытать чувство глубокого удовлетворение от возможности управления любыми аспектами системы. Вам понравиться это ощущение.