Для организации разделов запустите fdisk или cfdisk. Вам нужен хотя бы раздел подкачки (тип 82) и один раздел Linux (тип 83).

Для создания файловых систем на своих Linux-разделах используйте mke2fs, mke2fs -j, mkreiserfs, mkfs.xfs, mkfs.jfs. Подготовьте свой раздел подкачки командами mkswap и swapon.

Смонтируйте свеже созданные файловые системы в /mnt/gentoo. Создайте каталоги для других точек монтирования (например, /mnt/gentoo/boot), если они вам нужны.